من بين التحديات التي تواجه استخدام التوربينات المائية كمصدر للطاقة:
التأثيرات البيئية: قد يؤدي بناء السدود إلى تغيير النظم البيئية للأنهار، مما يؤثر على الحياة البرية والنباتات.
التكاليف الأولية: يتطلب إنشاء محطات الطاقة الكهرومائية استثمارات كبيرة في البنية التحتية.
الاعتماد على الظروف المناخية: يتأثر إنتاج الطاقة المائية بكمية المياه في الأنهار، والتي قد تتقلب بسبب التغيرات المناخية.
تأثيرات على المجتمعات المحلية: قد يؤدي بناء السدود إلى تشريد المجتمعات المحلية وغمر الأراضي الزراعية.