الإلحاد، كأي فكر أو معتقد، يحمل في طياته مخاطر محتملة على الفرد والمجتمع، ومن هذه المخاطر:
فقدان المعنى والهدف: قد يؤدي الإلحاد إلى شعور الفرد بفقدان المعنى والهدف في الحياة، حيث يغيب الإيمان بوجود قوة عليا أو غاية أسمى.
تراجع القيم الأخلاقية: قد يؤدي الإلحاد إلى تراجع القيم الأخلاقية لدى البعض، حيث يغيب الإيمان بوجود مرجعية أخلاقية مطلقة.
الشعور بالوحدة والعزلة: قد يشعر الملحد بالوحدة والعزلة في مجتمع متدين، مما يؤثر سلبًا على صحته النفسية.
اضطراب التوازن الاجتماعي: قد يؤدي انتشار الإلحاد إلى اضطراب التوازن الاجتماعي في المجتمعات المتدينة، حيث يختلف الملحدون في قيمهم وأخلاقهم عن بقية أفراد المجتمع.
صعوبة التماسك الاجتماعي: قد يضعف الإلحاد الروابط الاجتماعية، حيث يزيل الاعتقاد المشترك الذي غالبًا ما يربط الناس معًا.
الميل إلى العدمية: يمكن أن يؤدي الإلحاد ببعض الأفراد إلى تبني وجهة نظر عدمية، مما قد يؤدي إلى اليأس والاكتئاب.