الاستغفار: مبتدأ مرفوع وعلامة رفعه الضمة الظاهرة على آخره.
أفضل: خبر مرفوع وعلامة رفعه الضمة الظاهرة على آخره وهو مضاف.
دعاء: مضاف إليه مجرور وعلامة جره الكسرة الظاهرة على آخره.
والجملة الاسمية "الاستغفار أفضل دعاء" لا محل لها من الإعراب لأنها جملة ابتدائية.