تواجه الميكنة الزراعية عدة صعوبات، منها:
ارتفاع التكاليف: شراء وصيانة الآلات الزراعية يعتبر مكلفًا، خاصة بالنسبة للمزارعين الصغار أو في المناطق ذات الدخل المنخفض.
صغر حجم الحيازات الزراعية: في بعض المناطق، تكون الأراضي الزراعية صغيرة ومجزأة، مما يجعل استخدام الآلات الكبيرة غير اقتصادي أو حتى غير ممكن.
نقص البنية التحتية: قد تفتقر بعض المناطق الريفية إلى الطرق المناسبة والكهرباء الكافية لتشغيل وصيانة الآلات الزراعية.
نقص المعرفة والمهارات: قد يفتقر المزارعون إلى المعرفة والتدريب اللازمين لتشغيل الآلات وصيانتها بشكل صحيح.
مقاومة التغيير: قد يكون هناك بعض التردد أو المقاومة من قبل بعض المزارعين لتبني التقنيات الجديدة والميكنة.
ملاءمة الآلات للظروف المحلية: قد لا تكون بعض الآلات الزراعية المستوردة مناسبة تمامًا لأنواع التربة والمحاصيل والظروف المناخية المحلية.
التأثير على العمالة: قد يؤدي إدخال الميكنة إلى تقليل الحاجة إلى العمالة الزراعية، مما قد يخلق تحديات اجتماعية واقتصادية في بعض المجتمعات.