لا، "يطهر" ليس فعلًا منصوبًا وعلامة نصبه الفتحة المقدرة في هذه الجملة.
الفعل "يطهر" هنا هو فعل مضارع مرفوع وعلامة رفعه الضمة الظاهرة على آخره.
السبب في رفعه هو أنه لم يسبقه ناصب أو جازم. جملة "كي يطهرها" تتكون من "كي" (وهي حرف مصدري ونصب) والفعل المضارع المنصوب بعدها. لكن في الجملة الأصلية "نظف يديك بمعقم كي يطهرها"، فإن "يطهرها" هي جزء من جملة معطوفة على محذوف تقديره "لتطهيرها" أو "لكي تطهرها".
لكن في سياق السؤال الذي يقدم "يطهر" كجزء منفصل ويصفه بالمنصوب بالفتحة المقدرة، فهذا الوصف خاطئ. الفعل "يطهر" وحده في هذه الجملة هو فعل مضارع مرفوع.