يختلف عدد نوافذ قبة الصخرة حسب المصدر الذي يتم الرجوع إليه، إليك بعض الأعداد المتداولة:
16 نافذة:
هذا الرقم مذكور في بعض المواقع الإلكترونية، مثل موقع جمعية حماية القدس الشريف
http://www.jerusalemda.org/Ar/index.php.
يشير هذا الرقم إلى النوافذ الموجودة في رقبة القبة فقط، وهي الأسطوانة التي تحمل القبة الذهبية.
161 نافذة:
ورد هذا العدد في بعض المصادر الأخرى، مثل ويكيبيديا العربية
https://ar.wikipedia.org/wiki/%D9%82%D8%A8%D8%A9_%D8%A7%D9%84%D8%B5%D8%AE%D8%B1%D8%A9
يشمل هذا الرقم جميع نوافذ قبة الصخرة، بما في ذلك نوافذ الرقبة و الجدران الخارجية.
56 نافذة:
تم ذكر هذا الرقم في بعض المقالات الصحفية، مثل مقال بعنوان "نوافذ الأقصى: 56 عينا تفتح لضوء الشمس" على موقع إندبندنت العربية
https://ar.wikipedia.org/wiki/%D9%82%D8%A8%D8%A9_%D8%A7%D9%84%D8%B5%D8%AE%D8%B1%D8%A9
يشير هذا الرقم إلى نوافذ المسجد الأقصى بشكل عام، وليس فقط نوافذ قبة الصخرة.
لذلك، لا يوجد رقم محدد متفق عليه لعدد نوافذ قبة الصخرة.
ويعود ذلك إلى اختلاف تعريف "النافذة" وطريقة احتسابها.
فهل يتم احتساب جميع الفتحات التي تسمح بدخول الضوء، أم فقط تلك التي لها إطارات زجاجية؟
وهل يتم احتساب نوافذ المسجد الأقصى بشكل عام، أم فقط نوافذ قبة الصخرة؟
وبشكل عام، يمكن القول أن عدد نوافذ قبة الصخرة يتراوح بين 16 و 161 نافذة.