تقع كوبنهاجن على الساحل الشرقي من جزيرة زيلاند في الدنمارك، كما تشغل جزءاً من جزيرة أماغر وتمتد على عدد من الجزر الطبيعية والاصطناعية التي تقع بين الجزيرتين. تواجه كوبنهاغن مضيق أوريسند من جهة الشرق، وهو المضيق الذي يفصل الدنمارك عن السويد، ويربط بين بحر الشمال وبحر البلطيق.