كان القائد الأساسي للحملة الفرنسية على مصر هو نابليون بونابرت.
قاد نابليون جيشًا ضخمًا قوامه 36 ألف مقاتل عام 1798، بهدف حماية المصالح الفرنسية، ومنع وصول بريطانيا إلى الهند، وتحقيق أهداف علمية.
وبالرغم من أن نابليون غادر مصر سرًا عام 1799، إلا أنه ظل القائد الأعلى للحملة حتى نهايتها عام 1801.
تولى قيادة الحملة من بعده كل من:
الجنرال جان بابتيست كليبر: قاد الحملة بعد رحيل نابليون حتى اغتياله عام 1800.
الجنرال جاك فرانسوا مينو: تولى قيادة الحملة بعد مقتل كليبر حتى هزيمة الفرنسيين وانسحابهم من مصر عام 1801.
لذلك، يُعتبر نابليون بونابرت هو القائد الأساسي للحملة الفرنسية على مصر،
و لعب دورًا محوريًا في مسارها وتأثيراتها.