دخل الإسلام إلى السودان في عهد الخليفة عثمان بن عفان، وذلك بعد فتح مصر على يد عمرو بن العاص عام 20هـ/641م. وقد كان دخول الإسلام إلى السودان تدريجيًا، حيث بدأ بانتشاره بين بعض التجار والقوافل التي كانت تمر عبر السودان في طريقها إلى مصر. كما بدأ بعض النوبيين في اعتناق الإسلام، وذلك بعد أن تزوجوا من مسلمين.
وفي عام 31هـ/651م، أرسل الخليفة عثمان بن عفان حملة عسكرية بقيادة عبد الله بن أبي السرح إلى النوبة، وذلك لتأمين التجارة بين مصر والسودان. وقد انتهت هذه الحملة بتوقيع اتفاقية البقط بين المسلمين والنوبيين، والتي نصت على أن يدفع النوبيون الجزية للمسلمين، وأن يسمحوا للمسلمين بممارسة شعائرهم الدينية في بلادهم.
ومنذ ذلك الوقت، بدأ الإسلام في الانتشار في بلاد النوبة، حيث اعتنقه الكثير من النوبيين، حتى أعلن ملك النوبة إسلامه في عام 823هـ/1420م. وبذلك، أصبح الإسلام الدين الرسمي لبلاد النوبة.
وقد ساهمت عدة عوامل في انتشار الإسلام في السودان، منها:
- زواج المسلمين من النساء النوبيات.
- دخول بعض النوبيين إلى خدمة المسلمين في مصر.
- هجرة بعض النوبيين إلى مصر واعتناقهم الإسلام.
- نشاط بعض التجار المسلمين في نشر الدعوة الإسلامية في السودان.
وأصبح الإسلام منذ ذلك الوقت الدين السائد في السودان، حيث يشكل المسلمون اليوم أكثر من 90% من سكان السودان.